Algoritmos para Bioinformática

Curso de extensão a distância de Algoritmos para Bioinformática

No curso de Introdução à Computação para Bioinformática, já formamos mais de 1.000 alunos, em sua maioria, de ciências da vida, preparando-os para iniciar em Bioinformática através de sólido embasamento computacional. O curso de Algoritmos para Bioinformática surgiu de uma demanda, principalmente, de graduandos e graduados em ciências exatas que desejam conhecer mais sobre como a computação pode ser útil na resolução de problemas nas ciências da vida.

Objetivos

O curso proposto tem como objetivo a introdução de conceitos de bioquímica e biologia molecular em uma linguagem simples e focada em estudantes de exatas (e afins), que nunca tiveram contato com a área de bioinformática, além da introdução de algoritmos fundamentais relacionadas à diversas áreas da Bioinformática: comparação e alinhamento de sequências biológicas, montagem de genomas, reconstrução de árvores filogenéticas através de sequências biológicas e biologia estrutural (modelagem comparativa, docking, triagem virtual, entre outros).

Data

Confira as datas na página de inscrição - Link para inscrição

Se deseja, deixar seu nome na lista de espera para a próxima turma, cadastre seu e-mail aqui.

Certificado

Haverá certificado de participação fornecido pelo CENEX / ICEx / UFMG.

Inscrições

O valor do investimento no curso é de R$900,00 (à vista).

As inscrições devem ser realizadas no período de 02/01/2024 a 31/01/2024 pela FUNDEP.

Há diversas formas de pagamento e os pagamentos podem ser parcelados em 4x (no valor de R$1.008,00).

Para se inscrever, clique no botão abaixo que lhe redirecionará para o site da FUNDEP. Desça até o final da página em "Matrícula" e clique em "Turma 1" e, a seguir, no botão "MATRICULAR".

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Conteúdo

O conteúdo deste curso visa dar uma visão bastante geral da área de bioinformática com foco nos principais problemas e algoritmos clássicos. Ele foi dividido em cinco módulos, a saber:

• Módulo 1 - Fundamentos biológicos: O que é a vida? Ácidos nucléicos e proteínas (sequências, estruturas e funções), o fluxo de informações do código genético (dogma central da biologia e os processos de transcrição e tradução), geração de dados biológicos (sequenciamento e resolução de estruturas de proteínas, entre outros), variações genéticas, bases de dados biológicos, conceituação de bioinformática e biologia computacional e suas aplicações.

• Módulo 2 - Análise de sequências biológicas: Métricas de distâncias entre sequências, tipos de alinhamento de sequências (global e local, par a par e múltiplo), algoritmo de Needleman-Wunsch, algoritmo de Smith-Waterman, matrizes PAM e BLOSUM, heurísticas para alinhamento múltiplo de sequências, significância de alinhamentos (p-value, z-score e e-value), aplicações do alinhamento de sequências biológicas.

• Módulo 3 - Montagem de genomas: Sequenciamento de genomas, desafios computacionais da montagem de genomas, problema da composição de strings, problema da reconstrução de strings, repetições, grafos de sobreposição, montagem de genomas de novo através do caminho hamiltoniano, grafos de Bruijn, montagem de genomas através do caminho euleriano.

• Módulo 4 - Filogenia: evolução e filogenia molecular, árvores, filograma e cladograma, reconstrução de árvores filogenéticas, métricas de distância, métodos baseados em distância, parcimônia, máxima verossimilhança e inferência bayesiana, UPMGA, single linkage, complete linkage, average linkage, neighbor joining, bootsrapping.

• Módulo 5 - Biologia Estrutural: Protein Data Bank (PDB) e seu formato de coordenadas atômicas, métodos de resolução de estruturas de proteínas, visualização de macromoléculas, o problema do enovelamento de proteínas, mapas de contatos e de distâncias, predição de estruturas secundárias, modelagem molecular (otimização, CASP e Alphafold), sobreposição estrutural, contatos (interações químicas interatômicas), docking (algoritmos genéticos), triagem virtual (desenho computacional de fármacos).

Público alvo

Estudantes de graduação ou pós-graduação em áreas de ciências exatas com conhecimento em lógica de programação. Estudantes de ciências da vida também podem aproveitar bastante o curso desde que estejam habituados e entenderem algoritmos e tenham conhecimento, pelo menos intermediário de programação. Neste caso, eles aproveitarão muito bem os módulos 2 a 5. Acreditamos que esse curso pode ser de grande auxílio na preparação dos mesmos para ingressar na pós-graduação na área de bioinformática contribuindo para que adquira sólidas competências em biologia e computação necessárias para entender, propor e resolver problemas em bioinformática.

Carga horária

O estudante deverá se dedicar aproximadamente 40 horas para assistir as aulas, ler o material e resolver os exercícios do curso.

Material didático

Todo o material de apoio ao curso será fornecido em formato digital e consiste em:

Vídeoaulas: gravações das aulas do curso, sendo 26 aulas (aproximadamente 15 horas de aulas).

Slides: todas as apresentações usadas nas aulas serão disponibilizadas em formato pdf.

Aulas ao vivo (BÔNUS): encontros com datas marcadas para esclarecimento de dúvidas através de vídeoconferências com a turma.

Escreva para onlinebioinfo@dcc.ufmg.br para maiores informações em caso de dúvidas sobre o curso.

O valor do investimento no curso é de R$860,00 (à vista). As incrições devem ser realizadas no período de 01/01/2023 a 27/02/2023 pela FUNDEP.

Há diversas formas de pagamento e os pagamentos podem ser parcelados em 4x (no valor de R$1.000,00).